¿El importe de los bonos que canjee cuenta como una ayuda para mi empresa?

Sí. El importe de los bonos que canjees se considera una ayuda pública de mínimis para tu empresa o actividad.
Esto significa que deberás tenerla en cuenta junto con otras ayudas de mínimis que hayas recibido, ya que existen límites máximos en función de tu sector de actividad
También deberás tenerla en cuenta cuando te soliciten declarar las ayudas de mínimis recibidas.